Katastrální území:
Albrechtovice, Arnoštka, Borová Lada, Březová Lada, Bučina u Kvildy, Buk pod Boubínem, Cudrovice, Černá Lada, Černá v Pošumaví, České Žleby, Dobročkov, Dolní Cazov, Dolní Světlé Hory, Frydava, Frymburk, Hlásná Lhota, Hliniště, Hodonín u Zdíkovce, Horní Cazov, Horní Planá, Horní Sněžná, Horní Světlé Hory, Horní Vltavice, Horní Záblatí, Houžná, Hrabice, Huťský Dvůr, Chlístov u Lažišť, Chlum u Volar, Chroboly, Jaroškov, Jasánky, Kapličky, Klášterec u Vimperka, Knížecí Pláně, Korkusova Huť, Koryto, Kratušín, Krejčovice, Křesanov, Křišťanov, Křišťanovice u Záblatí, Křížovice u Ktiše, Ktiš, Kubova Huť, Kvilda, Kyselov, Lenora, Libínské Sedlo, Lipka u Vimperka, Masákova Lhota, Michlova Huť, Milešice, Milov, Mlynářovice u Volar, Mýto u Hořic na Šumavě, Nicov, Nová Pec, Nové Hutě, Nový Svět u Borových Lad, Ovesné, Pasečná, Paseka u Borových Lad, Pěkná, Pernek, Pestřice, Polka, Pravětín, Přední Výtoň, Račí, Radvanovice, Řasnice, Řepešín, Řetenice u Stach, Saladín, Silnice, Skláře u Vimperka, Skříněřov, Slatina u Horní Vltavice, Smědeč, Solná Lhota, Spálenec, Stachy, Stodůlky u Strážného, Stožec, Strážný, Studenec u Stach, Svinná Lada, Sviňovice, Šindlov, Šumavské Hoštice, Švihov u Lažišť, Trhonín, Úbislav, Včelná pod Boubínem, Veselka u Vimperka, Vimperk, Vlčí Jámy, Volary, Vyšovatka, Záblatí u Prachatic, Zadní Výtoň, Záhoří u Chrobol, Zahrádky u Borových Lad, Zbytiny, Zdíkov, Zdíkovec, Zvěřenice, Zvonková, Želnava, Žlíbky
- 3130 - Oligotrofní až mezotrofní stojaté vody nížinného až subalpínského stupně kontinentální a alpínské oblasti a horských poloh a jiných oblastí, s vegetací tříd Littorelletea uniflorae nebo Isoëto-Nanojuncetea
- 3150 - Přirozené eutrofní vodní nádrže s vegetací typu Magnopotamion nebo Hydrocharition
- 3260 - Nížinné až horské vodní toky s vegetací svazů Ranunculion fluitantis a Callitricho-Batrachion
- 4030 - Evropská suchá vřesoviště
- 5130 - Formace jalovce obecného (Juniperus communis) na vřesovištích nebo vápnitých trávnících
- 6230* - Druhově bohaté smilkové louky na silikátových podložích v horských oblastech (a v kontinentální Evropě v podhorských oblastech)
- 6410 - Bezkolencové louky na vápnitých, rašelinných nebo hlinito-jílovitých půdách (Molinion caeruleae)
- 6430 - Vlhkomilná vysokobylinná lemová společenstva nížin a horského až alpínského stupně
- 6510 - Extenzivní sečené louky nížin až podhůří (Arrhenatherion, Brachypodio-Centaureion nemoralis)
- 6520 - Horské sečené louky
- 7110* - Aktivní vrchoviště
